Năm 1444, Sultan Murad II đã cảm thấy quá mệt mỏi với các công việc triều chính và chiến tranh nên quyết định về phủ Manisa an hưởng tuổi già, và truyền ngôi cho Mehmed. Về phần vua con, được sự giúp đỡ của các thầy học và các đại thần, ông dần dần đã nắm được cách trị vì đất nước.

Nhưng giữa lúc đó thì một sự biến quan trọng xảy ra: vua Władysław III của Ba Lan (phát âm: Phơ-la-đi-sơ-quát III) và Hungary gây chiến. Ông này trước đây đã phát động Thập tự chinh đánh bại quân Ottoman và ký hòa ước Segedin với Murad, nay nhân cơ hội Mehmed còn nhỏ tuổi liền cất binh, xé bỏ hòa ước Segedin, lấy cớ là hòa ước này do Władysław ký với Murad và khi Murad đã thoái vị thì nó không còn hiệu lực nữa. Được cộng hòa Venezia, Giáo hoàng, hoàng đế Đông La Mã và một số thế lực châu Âu khác ủng hộ, Władysław III đã tổ chức được một cuộc Thập tự chinh lớn. Thập tự quân nhanh chóng tiến sâu vào lãnh thổ Ottoman và áp sát trọng trấn Varna nằm trên bờ Hắc Hải.[4] Đồng thời, một số quan lại địa phương cũng nhân cơ hội tuyên bố độc lập.

Trước tình hình đó, Mehmed buộc phải vội vã phi ngựa tới phủ Manisa mời vua cha về chấp chính. Sau đó, Murad II đã xuất quân đánh tan tác đạo Thập tự quân tại trận Varna (1444), Władysław III cũng tử trận. Mối họa xâm lược bị đẩy lùi. Sang năm sau, Murad II lại trao quyền cho vua con rồi quay về Manisa.[4]

Tuy nhiên, một bộ phận Cấm vệ quân Janissary lại nổi loạn, tỏ ý không phục ấu chúa và đòi Murad quay trở lại ngôi vị. Không còn cách nào khác, tháng 5 năm 1446 Mehmed II lại phải đích thân ra Manisa mời vua cha về lên ngôi thêm một lần nữa.[4]